Selon une source policière, vingt-cinq minutes avant la déflagration, survenue à 8 h 46 locales, un inconnu avait téléphoné au quotidien grec Elefthérotypia pour avertir de son imminence et demander l'évacuation du bâtiment visé, d'un hôtel attenant et de la rue, a précisé la même source. La zone avait été bouclée quand l'explosion, de moyenne puissance selon la police, est survenue dans le délai indiqué par l'inconnu.
L'engin, à retardement selon les premières informations, avait été placé dans une boîte à chaussures devant les bureaux du groupuscule, au cinquième étage d'un immeuble près de la place d'Omonia, dans le centre de la capitale grecque. Des attentats à la bombe artisanale, imputés par la police à une nébuleuse anarchiste ou revendiqués par des groupes s'en réclamant, sont fréquemment commis en Grèce notamment contre des bureaux de personnalités politiques, bâtiments publics ou banques. Accusés par la gauche de violences contre des immigrés et des militants anti-racistes, les membres de Chryssi Avghi ont multiplié ces derniers mois rassemblements et manifestations dans le centre d'Athènes. Le ministre de la Protection du citoyen, Michalis Chryssohoidis, les a avertis qu'il ne tolérerait aucune action illégale de leur part, et appelé les membres des forces de l'ordre à se garder de toute complaisance à leur égard.